Le microbiote, cet ami essentiel à notre survie et pour communiquer avec notre environnement.

Bernard Klein

Nous, pratiquants de yoga, cherchons à cultiver l’écoute et le dialogue avec notre environnement (nos proches, les animaux, la nature, l’Univers). Ce dialogue passe naturellement par nos organes des sens : la vue, l’ouïe, le toucher, l’odorat et le goût. Mais il passe aussi par une entité plus discrète et pourtant capitale pour notre survie : notre microbiote.

L’être humain vit avec et grâce à son microbiote, c’est-à-dire l’ensemble des micro-organismes (bactéries, levures, archées, virus) qui colonisent nos muqueuses : le tube digestif, la sphère ORL (bouche, nez, gorge, sinus), les poumons, la peau et la sphère génitale. Quatre vingts dix neuf % de ces micro-organismes résident dans notre intestin.

Ces microorganismes sont les héritiers des premiers éléments vivants apparus sur Terre. Un des premiers ancêtres communs à toutes les espèces actuelles, surnommé LUCA (pour Last Universal Common Ancestor), était déjà un micro-organisme complexe qui vivait il y a environ 4,2 milliards d’années, soit 300 millions après la formation de notre planète. Au fil de l’évolution, ces pionniers du vivant se sont complexifiés pour donner naissance aux organismes pluricellulaires, dont nous faisons partie. Nous sommes issus de ces micro-organismes, nous avons évolué avec et grâce à eux et vivons aujourd’hui en étroite symbiose avec eux.

Un écosystème vital et foisonnant

Un homme adulte compte environ 36 000 milliards de cellules humaines, et héberge à peu près autant de bactéries dans son tube digestif, principalement logées dans le gros intestin. Comme les bactéries constituent l’immense majorité de notre microbiote intestinal, j’utiliserai par la suite ce terme par simplification. N’oublions pas pour autant les levures, les archées et les virus, qui jouent eux aussi un rôle dans l’équilibre de cet écosystème.

Notre paroi intestinale est protégée du contact direct avec ces bactéries par une couche de mucus, sécrétée par des cellules spécialisées de la paroi digestive. Ce mucus agit comme une interface d’échange subtile.

Dès les premiers instants de la naissance, nous recevons notre premier bagage microbien : lors de l’accouchement (par le contact avec la flore vaginale et fécale de la mère), puis par l’allaitement, les contacts familiaux, les caresses aux animaux, la flore, la découverte des aliments et de notre environnement.

Tout au long de notre vie, ce dialogue vital ne s’arrête jamais : nous échangeons en permanence nos microbiotes avec notre environnement, nos proches, les animaux, les végétaux, la terre, l’air.

Ces bactéries intestinales sont en constant renouvellement (en quelques heures). Les vielles bactéries sont éliminées dans les selles qui contiennent entre 30 % et 50 % de bactéries vivantes ou mortes.

Ainsi, chaque jour, grâce à notre alimentation, nous devons nourrir ces milliards de bactéries (représentant environ 200 grammes) réparties en 200 à 400 espèces différentes chez chaque individu (plus de 4 600 espèces ont été identifiées à l’échelle de l’humanité).

Si la grande majorité de nos bactéries intestinales sont bénéfiques (85 à 90 %) ou neutres (10 à 15 %), une petite proportion de bactéries sont dangereuses (~1 %) et doivent être neutralisées. Et c’est nous qui tous les jours façonnons notre microbiote, sélectionnons les bonnes ou mauvaises bactéries, par la qualité de notre alimentation, notre façon de manger, notre stress, nos habitudes de vie.

Que font les bonnes bactéries pour nous ?

En échange de ce gîte et de ce couvert, elles nous rendent de précieux services :

Elles participent à la digestion en sécrétant des enzymes qui dégradent ce que nos propres enzymes ne peuvent digérer.
Elles produisent des nutriments essentiels : des vitamines (comme la vitamine K et la biotine) et surtout des acides gras à chaîne courte (butyrate, propionate, acétate) issus de la fermentation des fibres alimentaires. Ces acides gras nourrissent les cellules de notre côlon, régulent notre métabolisme et modulent notre immunité.
Elles éduquent notre système immunitaire à reconnaître les bonnes bactéries et à éliminer les bactéries dangereuses.
Elles maintiennent à distance les microbes indésirables en occupant le terrain.
Elles communiquent avec le système nerveux intestinal (souvent qualifié de « deuxième cerveau) et influencent notre organisme, y compris notre humeur et notre cerveau.

Un microbiote en bonne santé repose avant tout sur sa diversité et sur un équilibre harmonieux. Lorsque cet équilibre est rompu (appauvrissement de la diversité), on observe des liens avec de nombreuses pathologies, même s’il est parfois difficile de démêler la cause de la conséquence.

Nos modes de vie modernes fragilisent notre microbiote et génèrent des maladies évitables

La vie moderne soumet ce microbiote en constant renouvellement à rude épreuve : alimentation ultra-transformée et pauvre en fibres, additifs chimiques, pesticides, environnement pollué ou excessivement aseptisé, stress, et usage abusif de médicaments.

Environ un quart des médicaments non antibiotiques — prescrits couramment au long cours — freine la croissance de bactéries intestinales bénéfiques.

Les antibiotiques, quant à eux, ont révolutionné la médecine en sauvant chaque année des millions de vies. Mais mal utilisés (automédication, prescriptions inappropriées), ils altèrent durablement la richesse de notre flore. Si une grande partie des espèces bactériennes se régénère en quelques semaines, certaines manquent encore à l’appel plusieurs mois après une seule cure.

Aux États-Unis et dans une grande partie du monde, des antibiotiques sont utilisés dans les élevages industriels pour accélérer la croissance animale en modifiant leur microbiote, se retrouvant ainsi dans la viande consommée. Si ces pratiques restent interdites en Europe, la prolifération des traités de libre-échange sans contrôles réels fragilise cette barrière sanitaire.

Ainsi, nos modes de vie modernes provoquent un déséquilibre profond (dysbiose) de notre microbiote. De nombreuses études ont montré que cette dysbiose est associée à une épidémie de pathologies métaboliques (obésité, diabète), inflammatoires, auto-immunes, cancéreuses ou allergiques.

Ces maladies évitables constituent un drame pour les patients et leurs proches, tout en coûtant des dizaines de milliards d’euros à la collectivité en France.

Dans un prochain article, je me focaliserai sur ces pathologies évitables et les thérapeutiques en développement.

Le yoga et l’écoute de notre corps

En quoi notre pratique du yoga favorise t-il notre microbiote ? Le yoga stimule en douceur la motricité des organes digestifs, favorise une bonne respiration (qui masse les viscères) et aide à réguler le système nerveux. En réduisant le stress chronique — cet ennemi qui fragilise la barrière intestinale et perturbe le dialogue intestin-cerveau —, le yoga participe à l’équilibre de notre microbiote.

Les maîtres de yoga n’avaient pas besoin des connaissances scientifiques modernes pour percevoir l’union intime entre notre corps physique, notre mental et notre environnement. Ils ont développé, au fil des millénaires, des pratiques favorisant cette harmonie globale. Aujourd’hui, la science moderne commence à valider ce que la sagesse ancestrale ressentait intuitivement.

Pour aller plus loin

« Le microbiote, un ami qui vous protège ? » du Professeur Patrick Hillon (éd. Eyrolles) : Un livre de gastro-entérologue dont les premiers chapitres offrent une synthèse claire des connaissances actuelles.Nous, pratiquants de yoga, cherchons à ressentir le dialogue avec notre environnement (nos proches, les animaux, la nature, l’Univers). Ce dialogue passe par les organes des sens : vue, ouïe, toucher, odorat, goût. Il passe aussi par une entité moins perceptible mais pourtant essentielle à notre survie, le microbiote.

« Le monde oublié du Microbiote Intestinal » de Auréline Sevrain. Je vous recommande cette excellente bande dessinée pour les enfants. Elle leur donne les messages essentiels de façon pédagogique et ludique.

« L’incroyable pouvoir du microbiote » de Justin et Erica Sonnenburg (éd. J’ai Lu) : Un ouvrage à la fois rigoureux sur le plan scientifique et très accessible, écrit par des chercheurs qui partagent aussi leur expérience de parents. Leurs travaux ont notamment mis en lumière les bienfaits d’une alimentation riche en aliments fermentés (kéfir, yaourts, choucroute) sur la diversité microbienne.

Nos précédents Regards sur la science :

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